本總隊隸屬於臺北市政府地政局,為本府二級機關,置總隊長、副總隊長、秘書,下設5科4室,組織架構圖如下:
隊本部包含總隊長、副總隊長、秘書及職工。
本總隊各單位職掌如下:
一、區段徵收科:全市區段徵收案之研議、評估、用地取得、土地分配、拆遷戶之安置事宜、土地之處分與接管、財務結算及成果報告等事項。
二、土木工程科:負責區段徵收及市地重劃地區之工程規劃、設計、施工、驗收及移管等事項。
三、控制測量科:負責加密控制測量、圖根測量、逕為分割測量、法院囑託測量、上級機關囑託測量、本市市界會勘、測量標管理及維護、法規擬訂及測量技術研究發展等事項。
四、測繪管理科:全市地籍整理、地籍圖檢測、圖籍管理維護、測量資訊業務研究發展及地籍圖重測法令疑義陳報等事項。
五、市地重劃科:本市公辦重劃案之勘選、重劃計畫書之擬訂、報核及公告通知土地所有權人、土地改良物之查估、拆遷補償、現況測量、查估重劃前後地價、重劃土地之規劃設計、計算負擔及分配土地、土地分配結果陳報核定、異議處理、核發重劃負擔總費用證明書、地籍整理、交接及清償與自辦重劃案之督導及協辦社子島擬辦區段徵收案相關業務等事項。
六、秘書室:負責文書、事務及研考等業務及其相關事項。
七、會計室:依法辦理歲計、會計及統計事項。
八、人事室:負責組織編制、預算員額、人力評鑑、分層負責與聘(僱)用人員、臨時人員、工友及原住民等綜合性人事業務及其相關事項。
九、政風室:負責貪瀆不法之發掘、查處,檢舉案件之處理,公務機密、機關安全維護及公職人員財產申報等相關事項。